Kata Pesantren berasal dari kata funduk (bahasa Arab) yang berarti hotel atau asrama. Sedangkan dalam bahasa Indonesia mempunyai banyak arti, diantaranya adalah madrasah tempat belajar pendidikan Islam. Sekarang lebh dikenal dengan nama pondok pesantren.
Kata pesantren yang terdiri dari asal “santri” awalan “pe” akhiran “an”, yang menentukan tempat, jadi berarti ”tempat para santri”. Kadang-kadang ikatan kata “sant” (manusia baik) dihubungkan dengan suku kata “tra” (suka menolong), sehingga kata pesantren dapat berarti “tempat pendidikan manusia baik-baik”. Menurut keterangan geertz pengertian santri mungkin diturunkan dari kata sansekerta “shastri” (ilmuan hindu yang pandai menulis), yang dalam pemakaian bahasa modern memiliki arti sempit dan luas. Arti sempit kata santri adalah pelajar sekolah agama yang ada disebuah pondok atau pesantren. Sedangkan arti luasnya kata santri mengacu pada seorang anggota bagian penduduk jawa yang menganut Islam dan sungguh-sungguh.
Tentang istilah santri, Nurcholish madjid menyebut dua pendapat yang bisa dijadikan acuan. Pertama, kata santri berasal dari perkataan sastri yang berarti melek huruf. Cak Nur menduga bahwa pada awal pertumbuhan kekuasaan politik Islam Demak, kaum santri adalah kelas literary bagi orang jawa. Ini disebabkan pengetahuan mereka tantang agama mengenai kitab-kitab bertuliskan dan berbahasakan Arab. Kedua, kata santri sesungguhnya berasal dari bahasa Jawa, persisnya dari kata cantrik yang artinya seseorang yang selalu mengikuti seorang guru kemana guru ini pergi menetap.
Secara terminologi dapat dikemukakan disini beberapa pandangan yang mengarah kepada definisi Pesantren. Abdurrahman Wahid dalam buku Menggerakan tradisi ; Esai-Esai Pesantren, mendefinisikan pesantren secara teknis. Pesantran adalah tempat dimana santri tinggal. Saedangkan Abdurrahman Mas’ud dalam buku Pendidikan Islam, Demokrasi dan Masyarakat Madani Mendefinikan Pesantren refers to a pleace where the santri devotes most of his or her time to live in and acquire knowledge.
KH. Imam Zarkasyi dalam buku Amir Hamzah W, mendefinisikan pesantren sebagai lembaga pendidikan islam dengan sistem asrama atau pondok, dimana kiyai sebagai figur sentralnya, masjid sebagai pusat kegiatan yang menjiwainya, dan pelajaran agama Islam dibawah bimbingan kiyai yang diikuti oleh santri sebagai kegiatan utamanya.
Dari pemaparan para tokoh pesantren bisa diambil kesimpulan bahwa pesantren adalah lembaga pendidikan yang memuat lima elemen penting ; pertama kiyai sebagai figur santral, Guru utama, decision maker sekaligus uswatun hasanah. Kedua santri sebagai pencari ilmutholabul ilmi dalam hal ini yang diutamakan adalah ilmu agama Islam. Ketiga masjid sebagai tempat utama segala kegiatan, baik yang berupa ibadah yaumiyah seperti Sholat wajib dan sunnahatau yang berbentuk amalan sholihan seperti mengkaji ilmu, musyawarah untuk kemaslahatan, latihan pidato dll. Keempat pondok atau asrama tempat santri tinggal menetap.Kelima kurikulum pendidikan Islam yang menjadi objek utama pendidikan.
